Пднимаю редакцию УТ, 12 часов не хватает чтоб прошли все операции обновления, долше организация простаивать не может. Как поступать в таком случае?

Смотреть что так долго обновляется.
В ОФ бывали проблемы с РС Версии объектов. Тогда его просто средствами sql копировали и вычищали, а после обновления - заливали обратно.

(1) Судя по журналу регистраций - все обновляется долго (Справочник Партнеры, документы РТУ)

(0) Мой опыт обновления с 11.1 на 11.2 - файловая: 5 часов, SQL - 3.5 часа (на том же железе).

(0) Не справляетесь за 12 часов ночью?
Для этого придумали выходные и праздники.

(0) 1. Проанализировать, каких ресурсов не хватает.
2. Сделать обновление на том компе, где этих ресурсов достаточно.

вырубить журнал регистрации на время обновления. у вас там поди каждый чих регистрируется, лишний гиг никому ненужных записей поймаете которые никто никогда смотреть не будет.

(0) Файл или сервер?
Какая база, какое железо?

6+ надеюсь регламентные и фоновые задания на время обновления остановили?

Вырезать операции обновления и самому управлять этим процессом - не предлагать?

У меня на БГУ такое было