Не хочется грешить на обновление, но есть место быть:
Стал пересчитываться НДФЛ с ДГПХ прошлых периодов.
Сторнируется запись, где заполнено поле Подразделение и добавляется новая запись с такой же суммой (только +) с пустым подразделением.
Релиз 3.1.2.213. С какого релиза началось не подскажу, но январь-март таких заморочек не было.

кто может проверить на своих данных с данным релизом?

(1) э... а с фига ли на ГПХ были заполнены подразделения? руками добавляли?

(2) указали вручную, поле же активно
используется для отражения расходов

(2) а чаво, нельзя что ли ?
Мы тоже так делаем с той же целью что и в (3)

(2) повторю, январь-март никаких пересчетов НДФЛ не наблюдалось

Поддерживаю вопрос. За текущий месяц данные НДФЛ формируются  в разрезе подразделений, но в следующем периоде запись сторнируется.
Кто знает это ошибочное поведение программы или это сделано целенаправленно?

(6) значит я не одинок

(6) Такая же фигня. Последний релиз.

(8) Началось еще не в последнем релизе, а как минимум  в 183.

Активно пишем, пусть фиксят.

У меня у договоров ГПХ в регистре "Учет доходов для исчисления НДФЛ" не заполнялась "Территория выполнения" (подразделение т.е.), соответственно, подставлялась "общая" регистрация в ИФНС, а не от подразделения (оно обособленное). Нашла ошибку в запросе, тоже началось с релиза 183. Вероятно, с пересчетом из той же оперы.

(11) А в нем не только по НДФЛ ГПХ и подразделениям косяк.

Заметил, что если есть любой документ (разовое начисление, больничный, итп),в котором выплата в межрасчетный период и считается НДФЛ, и в этом документе применен вычет за текущий месяц налогового периода, то в документе начисления ЗП и взносов вычет может быть снова применен за то же месяц налогового периода.

Месяцы начисления и месяцы НП не путаю.

Вот буквально сегодня рзбирал ситуацию у клиента: месяц начисления апрель, больничный с датой получения дохода 12.05.2017, в нем применяется вычет за апрель и за май корректно (по 2800 дважды).

После этого создается документ начисления зарплаты за апрель, и по тому же физлицу еще раз применяется вычет 2800 за апрель, а вычет за май 2800 (дата получения дохода 12.05) сторнируется.

В итоге - НДФЛ с зарплаты за апрель с датой получения дохода 30.04 занижен, НДФЛ с больничного с датой получения дохода 12.05 завышен (добавлено 364 рубля).

Исправляли вручную.

И это не единичная ситуация, то же самое, если есть разовое начсление, и тому подобное.

(12) да, у меня с больничным тоже так получилось. Я подумала, расчетчица руками как-то добилась такого эффекта. Поскольку в целом суммы правильные, не разбиралась. Надо будет обратить внимание.

(13) В 6-НДФл будет катавасия. Потому что сумма НДФЛ 364 попадет в ведомость на выплату в табличную часть НДФЛ, а сумма дохода - нет. Все уже было выплачено ранее.

В итоге удет в 6-НДФЛ две строки по больничному, в одной заполненная строка 130 и 140, в  другой только 140.

(11) так?
В процедуре РасчетЗарплатыРасширенный общего модуля РасчетЗарплатыРасширенный заменить фрагмент:

|    ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ТерриторииВыполненияРабот.ПустаяСсылка) КАК ТерриторияВыполненияРаботВОрганизации,

На фрагмент:

|    ЗаписиНачислений.Подразделение КАК ТерриторияВыполненияРаботВОрганизации,

(15) в общем модуле РасчетЗарплатыРасширенный, процедура ЗаполнитьДанныеПоДоговорамПодряда

+(16) мы, наверное, с вами про одно и то же, только у вас название процедуры не скопировалось )

(15) Это не решает проблему с перерасчетом прошлого периода