Добрый день.
Можно ли программно назначить "Отбор.Организация" из "ТекущаяСтрока.Соглашение.Организация". Т.е. Организацию получить через точку. Или только вытаскивать Организацию на форму?

ты ж в этот момент НаКлиенте. какой тебе "через точку"?
делай безконтекстный вызов на сервер, запрашивай что там есть в соглашении. или заранее загружай в невидимую колонку организации по соглашениям.

(1) "делай безконтекстный вызов на сервер, запрашивай что там есть в соглашении" а дальше что? Куда передавать полученную Организацию?

(2) тогда контекстный с последующей установкой отбора в список %)