В ЗУП 2.5 есть центральная база (ЦБ) и один узел распределенной базы (РИБ).

ЦБ обновлена до 3.1 переносом данных из 2.5.

Как "обновить" узел РИБ до 3.1 ?

создать новый узел будет проще

(1) Т.е. надо:
- в 2.5 сделать синхронизацию РИБ, чтобы выгрузились все данные из периферийной базы в центральную
- перенести данные из ЦБ 2.5 в пустую 3.1
- создать новый узел в 3.1

Так получается?

1. Если клиент-сервер, то провести взаимный(!) обмен данными (выгрузка/загрузка сообщений обмена во всех узлах)

И

Администрирование серверов 1С:Предприятие - Информационные базы - РИБ-база, пкм, "Свойства" - "Блокировка начала сеансов включена", "Блокировка регеламентных заданий включена". Или тоже самое, но через командную строку.

ЦБ обновлена до 3.1 переносом данных из 2.5.

Только новая почка, иначе никак

*(3) Просто не нужно забывать, что база ЗУП 2.5 остаётся в полностью рабочем режиме - идут автообены, работают фоновые задания И обязательно найдётся парочка тупых юзверей, которые продолжат работать в базе уже после переноса данных в ЗУП 3.1.