(0) Без скриншота сложно понять где не отображается иерархия элементов.
И чтобы не было недопонимания, из синтаксис-помощника:
ИерархияГруппИЭлементов (HierarchyFoldersAndItems)
Описание:
Все элементы делятся на группы и обычные элементы. В качестве родителей могут выступать ТОЛЬКО ГРУППЫ.
(5) Как вариант: можно сделать иерархию элементов и добавить реквизит в справочник - ЭтоГруппа. Затем в форме списка/выбора При получении данных менять значок элемента и поведение, в зависимости от флага