Возможно ли в форме списка документов в управляемой форме вывести их в иерархии подразделений, где подразделение это реквизит документа?

да

Можно

1. изменить форму - добавляем реквизит в список выводимых полей
2. настройка списка - группировка

(3) Документы выводятся внутри подразделений, я же еще хочу чтоб сами подразделения выводились в своей иерархии, а вот этого никак не получается сделать.

выводи на форму родителя подразделения и группируй по родителю

ну, или произвольный запрос списка...

(5) Подразделения разного уровня вложенности - не пойдет
(6) произвольный запрос ничего не решает, скорей всего это принципиальный вопрос, вероятно динамическое считывание не даст просматривать всю структуру иерархии :(

"произвольный запрос ничего не решает," - это смотря как запрос написать :)

не забываем про "В ИЕРАРХИИ"

(9) "В ИЕРАРХИИ" в динамическом запросе!  :))

(10) Нельзя использовать "В ИЕРАРХИИ" в динамическом запросе!

запросе = списке

(10) сорри - тупанул :)