Нигде не нашел, как удалить из хранилища настроек.

(0) Посмотри что написано в модуле менеджера хранилища

(1) В типовых ставит пометку удаления на справочник. У хранилищ настроек метода "Удалить" нет..

(0) буду писать в ХранилищеОбщихНастроек