Обновление главной базы завершилось удачно. Но на этапе обновления в ПБ возникла такая ошибка:

{Справочник.ПоставляемыеТиповыеОперации.МодульМенеджера(507)}: Ошибка при вызове метода контекста (УстановитьПометкуУдаления)
        Объект.УстановитьПометкуУдаления(Истина, Ложь);
по причине:
Ошибка при выполнении обработчика - 'ПередЗаписью'
по причине:
{ОбщийМодуль.ОбменДаннымиРИБСобытия.Модуль(82)}: Объект "Поставляемые реквизиты типовых операций" разрешено редактировать только в центральном узле РИБ
        ВызватьИсключение НСтр("ru='Объект """ + Источник.Метаданные().Синоним + """ разрешено редактировать только в центральном узле РИБ'");

И по кругу.
Все бы хорошо, но сжатый файл обмена 380 Мб. В отладчике пробовал - не реально докопаться до сути.
Не ясно, почему в обновлении на ПБ он пытается что-то помечать на удаление. Как-будто разработчик забыл поставить условие проверки на ПБ... Вроде бы должно было все пометиться в ЦБ в момент обновления и выгрузиться уже помеченным...
Но тем не менее, проблему надо решить.
ИТАК по порядку.

1. Отключаем ПБ от обмена: ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел(Неопределено)
2. Выполнение обновления до 2.0.50.17 выполнилось сразу успешно
3. Подключение к обмену:  Воссоздаем узел центральной базы и делаем его главным
3. Попытка синхронизации. Из ЦБ Файл-архив выгрузки 380 мб. Загрузка пошла в ПБ. Изменения пришли.
4. Загрузка из ПБ в ЦБ...  

Лирическое отступление: сколько раз себе говорил, отключаем в такие моменты автоматическую синхронизацию. Опять ждем. Из ЦБ выгружаются в фоне 380 МБ.

Ошибка получения.
Ошибка при начале чтения файла сообщения обмена: {Обработка.КонвертацияОбъектовРаспределенныхИнформационныхБаз.МодульОбъекта(121)}: Ошибка при вызове метода контекста (НачатьЧтение): Номер сообщения меньше или равен номеру ранее принятого сообщения

Понятно, конечно. У нас в ПБ номера сообщений ведь опять начались с "0"... А ждем мы, 775-й.

    оПлан = План.ПолучитьОбъект();
    оПлан.НомерПринятого = 0;
    оПлан.Записать();

Сделаем это с обеих сторон. Хотя, правильнее было бы запомнить реальные номера принятых и отправленных в ПБ. Но мы это сделать забыли. Так что проще обнулить.

5. Делаем для порядка по 2 синхронизации на обеих сторонах.

Вуаля. Может кому пригодится.