Структура расположения на форме

ОбщаяГр (верт группировка)
- Гр1 (гориз группировка)
-- Эл1
-- Эл2
- Гр2 (гориз группировка)
-- Эл3
-- Эл4

в итоге Эл1 и Эл3 выравнены по вертикали, а Эл2 и Эл4 нет. Как их можно выравнять?

Если делать группировку по колонкам, то не получаются в одной строке (из-за разной высоты и флажков и полей ввода).

https://its.1c.ru/db/metod8dev#content:5898:hdoc:_top

даже так: https://its.1c.ru/db/metod8dev#content:5898:hdoc:heading3

не совсем то. Эл2 и Эл4 выравнены по левому краю, но из-за разной длины заголовка поле для ввода не выравнено

Начнем с того, что в 8.3.6 и 8.3.7 механизмы разные.
Выше ссылка на 8.3.7 уже есть, про 8.3.6 там же. При этом напоминаю, что важно не только то какая платформа стоит - но и какой режим совместимости у конфигурации.

Кроме того, по тексту трудно понять что хотите - выложите скрины.

Мне кажется (по вашему описанию) что у вас 8.3.6. По крайней мере на ИТС подобные варианты рассматривались в разделе "как теперь в 8.3.7 решается то что в 8.3.6 делали костылями в виде декораций или объединением в другие группы" - ссылка из (1) с текста "В "1С:Предприятии" версии 8.3.6 для выравнивания часто использовались декорации-"пустышки". Наприм...".