Обе базы обновлены до последних версий. В рознице бывают разные номенклатуры с одинаковым наименованием, при стандартном обмене в бухгалтерию записывается только одна из них. Как решить проблему?

(0) ну это даже хорошо. Когда несколько одинаковых. А в бухгалтерии пусть будет одна.

(1) Если не сарказм, то они ведь разные, в рознице по ним разные движения, у них разные ссылки.

(2) ну это понятно, что если несколько номенклатур, то у них несколько ссылок. Вы что думали, что будет по другому? В бухгалтерию совсем необязательно этот зоопарк тянуть. Сделать одну номенклатуру и всё. Тоже спмое с характеристиками сделано. Например 100 характеристик в УТ. А в бухгалтерии всё объединяется в одну номенклатуру.

(3) так а если есть различия во всем остальном кроме наименования, то есть это разные элементы, то есть возможность их перетягивать создавая в бухгалтерии все тоже самое?

(4) "Во всем остальном" - в чем? Если это свойства номенклатуры, которые имеют значение только для УУ, то не все ли равно? Или в Рознице есть, например, позиции с одинаковым наименованием, но разной ставкой НДС? Тогда в БП это должны быть разные позиции. Но как же их умудрились назвать одинаково?

Формат обмена какой? ED ?

Умудрились. Стандартный формат обмена средствами 1с

Что за "стандартный формат"?

Есть "Универсальный" формат (ED), есть старый (прежний).

(7) Сервис -> Обмен данными с "Бухгалтерия" -> Выполнить обмен