Думаю делать так:
Выключить "Использование характеристик"
Удалить непосредственно все элементы справочники характеристки
Тестирование исправление "Очищать ссылки"

Хочу уточнить, вариант рабочий? Ничего в БД не случится?

Случится скорее всего, ведь характеристика может быть измерением в регистрах