Вот так работает быстро

ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
    Участники.Участник КАК Участник,
    ЗаказТураУчастники.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    Участники КАК Участники
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.ЗаказТура.Участники КАК ЗаказТураУчастники
        ПО (ЗаказТураУчастники.Ссылка В
                (ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 3
                    ЗаказТураУчастникиУ.Ссылка
                ИЗ
                    Документ.ЗаказТура.Участники КАК ЗаказТураУчастникиУ
                ГДЕ
                    ЗаказТураУчастникиУ.Участник = Участники.Участник
                УПОРЯДОЧИТЬ ПО
                    ЗаказТураУчастникиУ.Ссылка.Дата УБЫВ))

а так тормоза
ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
    Участники.Участник КАК Участник,
    ЗаказТураУчастники.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    Участники КАК Участники
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.ЗаказТура.Участники КАК ЗаказТураУчастники
        ПО (ЗаказТураУчастники.Ссылка В
                (ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 3
                    ЗаказТураУчастникиУ.Ссылка
                ИЗ
                    Документ.ЗаказТура.Участники КАК ЗаказТураУчастникиУ
                ГДЕ
                    ЗаказТураУчастникиУ.Участник = Участники.Участник
                УПОРЯДОЧИТЬ ПО
                    ЗаказТураУчастникиУ.Ссылка.Дата УБЫВ))
ГДЕ
    ЗаказТураУчастники.Ссылка.Проведен = ИСТИНА
    И ЗаказТураУчастники.Ссылка.Аннулирован = ЛОЖЬ
    И ЗаказТураУчастники.Ссылка.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ

в индексы перестаешь попадать

(1) а так?

             ГДЕ
                    ЗаказТураУчастникиУ.Участник =Участники.Участник
    И ЗаказТураУчастникиУ.Проведен
    И НЕ ЗаказТураУчастникиУ.Аннулирован
    И НЕ ЗаказТураУчастникиУ.ПометкаУдаления
                УПОРЯДОЧИТЬ ПО
                    ЗаказТураУчастникиУ.Ссылка.Дата УБЫВ))

для проверки тебе ещё раз добавляется Левое соединение
Проверяй сразу во вложенном запросе

3+ ЗаказТураУчастникиУ. -> ЗаказТураУчастникиУ.Ссылка

(3) так тоже тормозит

(2) а какие индексы добавить?

убрал все индексы
отборы сделал на уровне скд
все летает

А зачем одновременно Проведен и НЕ ПометкаУдаления. Оно взаимоисключающее как бы. Поэтому пометку удаления вообще убрать, а добавить индекс по Аннулирован. Хотя индексирование логических реквизитов это фу - селективность никакая. Я бы подумал насчет возможности ограничения по дате.

ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.ЗаказТура.
Зачем к таблице-то соединяться, если ссылка нужна?

А то для каждой строки документа проверяешь на вхождение трех первых документов.