Есть 2 базы, в них план счетов разный. Как более правильно сделать?
обмен идет "по организациям", то есть один документ никогда не идет в несколько узлов.

я вижу варианты

1. в настройку узла обмена добавляем таблицу трансформации счетов учета
2. в документах добавить реквизиты с типом Счет
3. прописать в правилах конвертации
4. прочее....

Ну, когда я делал подобные переброски при наличии в документах счетов, то просто проставлял в конвертации значений плана счетов нужные соответствия, это крайне занудно, неприятно, но работает на сто процентов. Может быть еще вариант реализованный в современных БП, где счета номенклатуры или контров зависят от настроек счетов в справочниках, в этом случае эти самые могут не зависеть от счетов в базе  источнике...

(1)

>>>счета номенклатуры или контров зависят от настроек счетов в справочниках

у меня так сделаны обмены в одну сторону, а теперь надо делать в другу сторону - там не прокатит...

я склоняюсь к варианту добавления полей в документы, так будет меньше проблем с операциями когда в одной базе весит на 60 а в другой хотят 76, а правило не пропишешь

(0) Если в документах нет ссылок на счета, на вижу проблем.
Если есть, конвертировать, как обычно, в правилах.

В документе код, не относящийся к самому документу, не нужен. В настройках узла... Не вижу смысла, плюсов (если есть, подскажите).