суть хотелки:

из базы 1 отправляю документ, у документа установлен дополнительный реквизит (в регистре), мне нужно, что бы при получении этого объекта в базе 2 я мог отправить с ответом специальный флаг, что объект получен. И когда в базе 1 я получаю этот ответ я меняю дополнительный реквизит в регистре.

зы
разумеется это надо сделать не меняя метаданные базы 2

Кодом

обмен по правилам - это асинхронная штука. Ты отдельно выгружаешь изменения и отдельно загружаешь. Ответить в момент загрузки невозможно.
Ты в момент загрузки должен что-то такое регистрировать в плане обмена, что потом, при выгрузке даст нужный объект.

что объект получен можно проследить через соответствие объектов информационных баз

(0) как?