Если кому интересно. Разобрался как делать заказ на один склад учитывая продажи по всем складам.
На диске ИТС есть статья (немного кривоватая) про центральный склад и магазины.
Суть в том что нужно настроить схему обеспечения, в которой для складов, на которые товар перемещается, указывается источником основной склад и способ обеспечение перемещение. Для основного склада все как обычно. Затем в настройках способа расчета (через продажи) указываем, что нужно в продажах учитывать продажи всех складов. Основной склад при этом считается "распределительным центром"