В запросе нужно проверить, что заказчик не входит в таблицу участников
ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 25
    ЗаказТураУчастники.Ссылка.Контрагент,
    ЗаказТураУчастники.Участник,
    ЗаказТураУчастники.Ссылка
ПОМЕСТИТЬ ПроверкаЗаказчика
ИЗ
    Документ.ЗаказТура.Участники КАК ЗаказТураУчастники
ГДЕ
    НЕ 1 В
                (ВЫБРАТЬ
                    1
                ИЗ
                    Документ.ЗаказТура.Участники
                ГДЕ
                    ЗаказТураУчастники.Ссылка.Контрагент В
                        (ВЫБРАТЬ
                            ЗаказТураУчастники.Участник
                        ИЗ
                            Документ.ЗаказТура.Участники))
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    ПроверкаЗаказчика.Контрагент,
    ПроверкаЗаказчика.Ссылка
ИЗ
    ПроверкаЗаказчика КАК ПроверкаЗаказчика
ГДЕ
    ПроверкаЗаказчика.Контрагент <> ПроверкаЗаказчика.Участник

когда одна запись в заказе работает правильно, когда болше не правильно

ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 200
    ЗаказТура.Контрагент,
    ЗаказТура.Ссылка
ИЗ
    Документ.ЗаказТура КАК ЗаказТура
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.ЗаказТура.Участники КАК ЗаказТураУчастники
        ПО ЗаказТура.Контрагент <> ЗаказТураУчастники.Участник
ГДЕ
    ЗаказТура.Проведен = ИСТИНА

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ЗаказТура.Контрагент,
    ЗаказТура.Ссылка

тоже не правильно

используй ЕСТЬ NULL

ГДЕ ЗаказТура.Контрагент НЕ В (ВЫБРАТЬ ЗаказТураУчастники.Участник ИЗ Документ.ЗаказТура.Участники)