Программно открываю форму обработки в отдельном окне (не модально). Вопрос - можно ли сделать так, чтобы окно было поверх основного окна 1с, но не блокировало ее интерфейс?

Другим сеансом, а в нем - модально :)

если только внешней компонентой какой