Просто один известный человек стал употреблять слово Партнер, как лицо для взаимодействия, совпало вот, что так оно и появилось и в 1С. Контрагенты - это взаимодействующее лицо по определению Бухгалтерии. Много еще слов новых появилось: например слово "в разы" вместо слова " в несколько раз" и т.д.
(2) Если тебе этот функционал не нужен, отключи. Есть соответствующая фо. По мне так это удобно, можно например описывать торговые сети. Центральный партнер+контрагент и дочерние партнеры (магазины) со своими контактами и адресами. А вообще тыщу раз такие вопросы задавались уже.
Неочевидное предназначение партнеров. Зачем дублить сущности если партнеры по сути нужны только малому проценту контрагентов, зачем было их делать для каждого контрагента?