Как в конфигурации Бухгалтерия Предприятия 2.0.66.29 сделать Заказчика (в акте) и Покупателя (в счёте-фактуре) разными контрагентами, чтобы в печатные формы они также попадали разными контрагентами?

Заказчик в акте и покупатель в счет - фактуре разные - что под этим имеется ввиду? Один будет платить за услуги, а другой НДС?

На услуги в сч/ф указывается только покупатель

(1) видимо. Бухи просят. От них требуют, чтобы было именно так. В БП 3.0 можно в с/ф выбрать другого контрагента. В БП 2.0 нельзя.

(3) В реализации БП 2.0 закладка Дополнительно - там и грузоотправитель и грузополучатель могут выбираться, соответственно будут заполняться поля в актах и счетах-фактурах. (2) Вот  тут впроде бы логично, услуга не имеет фищического воплощения, и потому грузополучателя не может быть...но, как всегда главное идёт после НО:
- реализация может быть товаров и услуг одним документом, и грузополучатель там вполне себе законен;
- есть ситуации, когда есть "голова" и куча подчинённых организаций, и требует и клиент и налоговая, чтобы Покупатель в счет - фактуре был "голова", а грузополучатель - филиал, не смотря на то, что услуги...

(3) Скажите им что если они идиоты, то это еще не повод программу ломать.

(5) Что ж такое, были же люди как люди, и вдруг все сразу стали кретины. Парадокс. (С)

(4) В услугах нет грузополучателя.

Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137:

е) в строке 3 - полное или сокращенное наименование грузоотправителя в соответствии с учредительными документами. Если продавец и грузоотправитель являются одним и тем же лицом, вносится запись "он же". Если продавец и грузоотправитель не являются одним и тем же лицом, указывается почтовый адрес грузоотправителя. При составлении счета-фактуры на выполненные работы (оказанные услуги), имущественные права продавцом, в том числе налоговыми агентами, предусмотренными пунктами 2 и 3 статьи 161 Налогового кодекса Российской Федерации, в этой строке ставится прочерк;

Не нужно придумывать какую-то собственную ересь.

(4) в закладке Дополнительно только Руководитель и Главный бухгалтер

(8) Должны быть...

(9) Никто никому не должен.