Подскажите пожалуйста. выполнил следующее
Док2 = Док.ПолучитьОбъект();
Док2.ПометкаУдаления = Истина;
Док2.Проведен = Ложь;

В журнале документов , документ поместился на удаление, а из регистров его движения не ушли.

(0) С какими параметрами вызывал записать()?

Вот весь код

    Для каждого Итерация из тзФайл Цикл
        Док = Документы.ВнутреннийЗаказ.НайтиПоНомеру(Итерация.Код, ТекущаяДата());
        Если ПустаяСтрока(Док) Тогда
            Продолжить
        КонецЕсли;
        Док2 = Док.ПолучитьОбъект();
                Док2.ПометкаУдаления = Истина;
                Док2.Проведен = Ложь;
        //Док2.Со(
    КонецЦикла;

Этот код только меняет реквизиты документа, никакого отношения к движению по регистрам он не имеет

ДокументОбъект.<Имя документа> (DocumentObject.<Имя документа>)
УстановитьПометкуУдаления (SetDeletionMark)
Синтаксис:

УстановитьПометкуУдаления(<ПометкаУдаления>)
Параметры:

<ПометкаУдаления> (обязательный)

Тип: Булево.
Признак установки / снятие пометки на удаление.
Истина - пометка будет установлена; Ложь - пометка будет снята.
Описание:

Устанавливает/снимет пометку на удаление документа. Документ при этом не удаляется из базы данных. Окончательное удаление помеченных документов происходит при удалении помеченных объектов.

Доступность:

Сервер, толстый клиент, внешнее соединение, мобильное приложение(сервер).
Примечание:

Если документ проведен, применение метода приводит к отмене проведения.
Если объект модифицирован, то выполнение метода вызывает исключение.

(3) Тот код не меняет документ

Че, правда код работет без док.записать() ?

а что нужно сделать?

Док = Документы.ВнутреннийЗаказ.НайтиПоНомеру(Итерация.Код, ТекущаяДата());
        Если ПустаяСтрока(Док) Тогда
            Продолжить
        КонецЕсли;
        Док2 = Док.ПолучитьОбъект();
      Док2.УстановитьПометкуУдаления(Истина);

    КонецЦикла;

спасибо разобрался