Так получилось, что нам нужно, что при синхронизации из КА 2.2 в Бух 3.0 выгружались все элементы справочника "Договора", а остальные - справочники выгружались только тогда, когда задействованы в документе. К сожалению, в 1С можно выбрать выгрузка только всех данных, либо только данных, которые задействованы в документе по ссылкам.

Возможно ли такое сделать?
Сорри за орфографию, что-то не прочитал после написания

Авторегистрация для договоров

(2) В модуле вызывать функцию по регистрации объекта к обмену? Она будет обходить галку выбора выгрузки объектов в другую базу в окне синхронизации?

(0)  ПОД, вкладка "выборка данных"

КД3 или КД2 тут не играет роли. Нужно индивидуально регистрировать договора. Если в правилах регистрации не получится поправить, то создать свою подписку на событие и там регистрировать изменённый договор.

(3) вам не нужно чтоюы каждую минуту выгружался весь справочник договоров, там не их несколько тысяч. Вы как-то не так формулируете задачу.

(6) Вероятнее всего подразумевается, что часть договоров выгружается при любом изменении/заведении элементов, а другая часть договоров (со своей хитрой фильтрацией) выгружается только при попадании в документы.
(0) Даже если и реализовать переброску договоров вместе с документами, то всё равно останется проблема с возможным изменением договоров в КА после их переброса без одновременного упоминания их в документах. На мой взгляд проще добавить относительно простую фильтрацию по данным карточки договора и реализовать её в правилах регистрации.
Если пользователям нужен какой-нибудь договор во второй базе, то пусть сами ставят ему признак выгрузки. Как вариант приделать автоматическую простановку признака выгрузки при упоминании договора в движениях расчётов с поставщиками (подписка на событие записи набора записей) с невозможностью снятия установленного признака.

(3) Нет, сделать для договоров авторегистрацию