Типовая от 1С не работает на Рознице 2.0, там в одном из модулей замены дублей из-за ошибки БСП отключается режим ОбменДаннымиЗагрузка = истина.
http://catalog.mista.ru/public/347607/

Есть еще одна, но она глючная и там можно выбрать только одно условие сравнения (для замены характеристик не годится, нужен еще владелец), а ОбменДаннымиЗагрузка = истина запрятано очень глубоко и показывется только при замене одной группы, да и на практике ведет себя криво, надо несколько итераций делать. Элементы-дубли автоматом не удаляет,только помечает.
http://catalog.mista.ru/public/286167/

Для УФ нужно, т.к. я хочу дать эту обработку пользователю, не обучать же ему как заходить в розницу в неуправляемом режиме обычного приложения?

Что-то как-то печально с заменой дублей в УФ. Или я не умею в Гугл?