Есть обмен между базами через вебсервис, запускающийся регламентным заданием (или принудительно вручную), который нужно разделить на два.
Если сделать два регламентных задания, будут ли они мешаться друг другу если вдруг будут выполняться в одно время?
(2) Да, все верно. Проблемы при параллельной работе могут быть в файловой базе из-за блокировок и недостатка лицензий, а в скуле все нормально пройдет.