Смотрю в отладчике, тупо проскакивает на следующую функцию
т.е. :
функция1();
функция2();
функция3();

отладчик заходит в функия1(), потом пропускает функция2()  и заходит в функция3()

почисти кэш, обнови конфигурацию БД, перезапусти

нет этого кода на стороне, которая его исполняет. кэш, обновить базу

почистить кэш в 1с - этот как?

(3) так в гугл и написать

Еще возможно функция2() серверная (если клиент-сервер и отладка на сервере не включена)

(5) да всего скорее так, а как узнать включена ли отладка на сервере и как её включить?

(6) С такими вопросами рекомендую букварь. И гугл.

в реестре посмотреть

(5) УФ - хз, но по-моему курсор на вызов функции все равно упасть должен

(9) Ну в описании вопроса не сказано явно именно что курсор не становится на функция2(), возможно имелось в виду что внутрь функции не проваливается, в любом случае проверить стоит.

(6) http://programmist1s.ru/vklyuchenie-otladki-na-servere-1s/

(10)сказано не явно, сказано тупо
Смотрю в отладчике, тупо проскакивает на следующую функцию

А в функция2(); есть какой-то код?

(12) Я к тому и говорю, что если сказано тупо, то лучше рассмотреть все варианты)

(13) Даже если кода в теле функции нет при отладчик будет заходить на строку КонецФункции;

(0) если это УФ и функция2() серверная, а дебаг на сервере не включен, тогда такое может быть

(16) блин, уже было ))  (5)

Еще вариант что функция2 описана в общем модуле с переключателем "Повторное использование возвращаемых значений"

а может функция в модуле, исходный текст которого исключён из поставки или закрыт паролем?