Что нужно заполнить, что автоматом заполнялся склад в этапах на закладке "Обеспечение материалов"
http://prntscr.com/gchfki
Склад материалов в подразделении стоит, в производстве 2.1 все подставлялось норм

Нашел. В схеме обеспечения теперь нужно указывать склад для производства
http://prntscr.com/gchlbr

В итоге все ложится в регистр сведений "Схемы обеспечения производства"