В типовой конфигурации добавлены пара справочников и изменён один документ - эти справочники добавлены в качестве реквизитов. Вопрос: не слетит ли эта доработка при обычном обновлении?

Всё от тебя зависит.

Но реквизиты же и на форму выведены.
Если кодом, то норм, иначе может запросто слететь, ибо формы объединяются криво

(1) Можно обновить через подготовленный .cf файл, но в таком случае не обновится конфигурация поставщика. Хотелось бы, чтобы она обновилась.

(3) Подготовь правильный cf файл

(4) Что значит "правильный"? Помимо корректной последовательности версий..

(5) Ну нормальный, с обновлённой конфигурацией поставщика

(5) это значит что технологию обновления нетиповых уже сто раз пережевали. гугл в помощь.

(0) В формулировке из (0) не слетит. А в общем случае зависит от конфигурации. Если конфа на УФ и документ не имеет формы (т.е. форма генерится автоматически), то слетать нечему. Если реквизиты добавлены на пользовательскую форму, то слетит лишь установка этой формы в качестве основной.

(2) Код тоже не в 100% случаев правильно объединяется

(9) затем и придумали расширения, чтобы уменьшить мозгоимение

(10) В расширения сейчас можно добавлять справочники и реквизиты? Платформа 8.3.10.2505.

(0)
1. дополнить добавленные реквизиты своим префиксом
2. форму типового док-а положить в расширение
3. в расширении создать реквизиты и элементы формы программно
4. профит.

(11) нет

Добавленные объекты не слетят. Измененные - если изменения в конфигурации поставщика конфликтуют с вашими изменениями (в новом релизе изменялись измененными вами объекты), то слетят, нет - не слетят. Я обычно сравниваю основную конфигурацию с конфигурацией поставщика, которые обе в базе, выписываю что изменилось, потом запускаю обновление и проверяю выписанные объекты на изменение - стоят галочки на них или нет. Если не стоят, это хорошо, конфликтов нет, если стоят - надо смотреть в чем отличие и вероятно руками переносить свои изменения в новый релиз.

(13) делай просто режим показывать дважды измененные, тогда выписывать не надо.

(14) Не видел раньше эту галку, спасибо