Здравствуйте!
Если нажимаю "Открыть виды запасов" то там 3 номенклатуры, но одна красная и у нее нет вида запасов,
Кто нибудь может мне подсказать какая логика заполнения вида запасов или почему она может не заполняться?

Ну как сказать. Текущий релиз УТ 11.3.4.67 и в нём зафиксирован жесткий баг
"В некоторых ситуациях виды запасов, указанные вручную, при подборе видов запасов перезаполняются другими видами запасов, даже если по указанным видам запасов остатков достаточно.
"
https://bugboard.v8.1c.ru/error/000033252.html

А вот теперь представьте, что творится в 11.1

В общем, нашел проблему: задвоился справочник "КлючиАналитикиУчетаНоменклатуры", даже при помеченных на удаление, возможно при поиске и удалении дублей
Надо сделать поиск и удаление дублей по справочнику "КлючиАналитикиУчетаНоменклатуры"(по номенклатуре, складам и характеристикам) после этого удалить помеченные объекты
Если что проблема была в том что в БП при синхронизации идут только те товары, которые заведены в ТЧ "ВидыЗапасов", также в отчет по валовой прибыли эти суммы не входили, может еще что было, но я только это заметил