Сделал ПКО "Партнеры", источник "Контрагенты", приемник "Партнеры".
Поиск по Наименованию.
Справочник заполняется.
Дальше делаю ПКО документов "СписаниеСРасчетногоСчета", источник "СписаниеСРасчетногоСчета", приемник "СписаниеБезналичныхДенежныхСредств".
ТЧ "РасшифровкаПлатежа", для приемника "Партнеры" делаю ПКС, источник "Пусто", приемник "Партнер".
Перед выгрузкой:
Если Источник.ВидОперации = Перечисления.ВидыОперацийСписаниеДенежныхСредств.ОплатаПоставщику Тогда
    ИмяПКО = "Партнеры";
    Если Источник.Контрагент = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка() Тогда
        Значение = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка();    
    Иначе    
        Значение = Источник.Контрагент;
    КонецЕсли;
ИначеЕсли Источник.ВидОперации = Перечисления.ВидыОперацийСписаниеДенежныхСредств.ВозвратПокупателю Тогда
    ИмяПКО = "Партнеры";
    Если Источник.Контрагент = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка() Тогда
        Значение = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка();    
    Иначе    
        Значение = Источник.Контрагент;
    КонецЕсли;
Иначе
    Отказ = Истина;
КонецЕсли;

Но при загрузке реквизит ТЧ.РашифровкаПлатежа.Партнер = пусто.
Что делаю не так?

методом Сообщить() посмотри, в какой кусок кода у тебя заходит
от этого пляши дальше

(1) Ставил уже, сейчас закоменчено, но тоже самое.  
Если Источник.ВидОперации = Перечисления.ВидыОперацийСписаниеДенежныхСредств.ОплатаПоставщику Тогда
    ИмяПКО = "Партнеры";
    Если Источник.Контрагент = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка() Тогда
        Значение = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка();    
    Иначе    
        //Сообщить(Источник.Контрагент);  //???
        Значение = Источник.Контрагент;
    КонецЕсли;
ИначеЕсли Источник.ВидОперации = Перечисления.ВидыОперацийСписаниеДенежныхСредств.ВозвратПокупателю Тогда
    ИмяПКО = "Партнеры";
    Если Источник.Контрагент = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка() Тогда
        Значение = Справочники.Контрагенты.ПустаяСсылка();    
    Иначе    
        //Сообщить(Источник.Контрагент); //???
        Значение = Источник.Контрагент;
    КонецЕсли;
Иначе
    Отказ = Истина;
КонецЕсли;

(2) сообщить("Ветка условия №1, ЗАШЛО СЮДА")

(2) пиши в файлотладки, так удобнее - сообщить для ламеров. а вообще у вас без холдингов? 1-му партнеру соответствует 1 контрагент?

(4) Пока да и надеюсь что не будет холдингов.

(3) Находит он Контрагентов, только по правилу не ищет.