РИБ, ут10 переписанная, узел. В один момент поплыли остатки.
Слева база до (бэкап), справа - после.
https://yadi.sk/i/P1TY0VeF3MsUDp
Запрос на скрине:
ВЫБРАТЬ
    ПеремещениеТоваров.Ссылка,
    ПеремещениеТоваров.СкладОтправитель,
    ПеремещениеТоваров.СкладПолучатель,
    КОЛИЧЕСТВО(ТоварыВРознице.НомерСтроки) КАК НомерСтроки
ИЗ
    Документ.ПеремещениеТоваров КАК ПеремещениеТоваров
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ТоварыВРознице КАК ТоварыВРознице
        ПО ПеремещениеТоваров.Ссылка = ТоварыВРознице.Регистратор
ГДЕ
    ПеремещениеТоваров.Дата > &Дата

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ПеремещениеТоваров.Ссылка,
    ПеремещениеТоваров.СкладОтправитель,
    ПеремещениеТоваров.СкладПолучатель

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    ПеремещениеТоваров.Дата

Что это может быть, как исправить?

(0) возьми с копии и перенеси движения этого регистра

ну и посмотреть сперва, есть ли движения в центре.
ЗЫ: запрос для этих целей, лишнее. Тем более, такой.

"Что это может быть" - ошибка во время сеанса обмена; сообщение обработано не полностью; обмен не в рамках единой транзакции - часть информации сохранена.
"Как исправить" - если я прав, то достаточно повторить сеанс обмена.

Если не поможет - написать обработку, которая сканирует документы и выявляет проведенные документы без движений. Полученный список документов сохранить и использовать в ЦБ для повторной регистрации изменений движений.