Что-то я затупил с утра.
Есть подсистема, пусть "грейды" со справочником "Уровни"
Включаю в нее подсистему "тестирование" со справочником "тесты".
У полных прав ожидаемо в панели навигации
Грейды
  Уровни
  Тестирование
    Тесты

У пользователя под ограниченными просто
Грейды
  Уровни

Пытаюсь понять, с подсистемой косяк или с правами на справочник, включаю справочник "тесты" в подсистему грейдов.
У полных прав
Грейды
Уровни
Тесты
Тестирование
  Тесты

У ограниченных -
Грейды
Уровни
Тест

То есть не видно именно подсистему. В командном интерфейсе подсистемы галка видимости для справочника стоит, в колонках по ролям все по умолчанию  - "серое".

Функциональных опций нет. (для проверки создал новую подсистему, внутри грейдов, включил в нее этот справочник. У полных прав появился еще один раздел, у ограниченных - все по прежнему)
Что может быть?

Да, затупил.
Несмотря на то, что у подсистемы нет страницы "права" право на просмотр у нее всё-таки есть. Нужно зайти в роль и настроить видимость подсистемы оттуда.