Не могу понять в чем тонкость - при записи документа 1) делаю запись в регистр сведений менеджером записи, следом 2) запускаю в фоновом задании процедуру, в которой в этом регистре ищет созданную запись и долго шлет письмо.

И вот если делать 1) и 2) в модуле формы в "ПриЗаписиНаСервере" то все ОК, а вот если 1) и 2) в модуле объекта, то фоновое задание не видит записанную прямо перед ним запись в регистре. В чем дело?

транзакция ещё не завершена

транзакция записи документа? если обернуть в ручную транзакцию, поможет?

(2) Нет. Вложенных транзакций не бывает.