Органицация, которой помогаю, учитывает возвратную тару как обычный товар. Т.е. продает ее и забирает возвратами товаров.
Делает это потому, что часто клиент отдает ему больше тары, чем брал с продукцией. Т.е. клиент организации может не гласно дать организации тару в долг.
Типовой механизм учета возвратной тары не разрешает принимать тары больше, чем было взято клиентом.
В то же время, руководство организации не против вести типовой учет тары, но с возможностью брать ее больше, чем было передано клиентам и что бы можно было отслеживать долг по таре перед клиентами.

Если внести изменения в код проверки результатов проведения документа, то полагаю будет бардак в регистрах переданная и возвратная тара.

Есть какие -нибудь способы и методы, организовать учет тары с вышеопсанной особенностью?

Есть возможность сделать клиента и поставщиком и покупателем.
Но как в УТ посмотреть взаиморассчеты по нему, что было видно общее состояние взаиморассчетов с учетом реализаций поступлений по этому контрагенту?