Здравствуйте!
Бухгалтера с начала года молчали что 41 счет как-то неправильно идет,
посмотрел: не списывает товар по партиям, способ оценки МПЗ по ФИФО,  по стоимости приобретения во всех организациях, но не списываются по партиям все товары, товары приходуются на свои партии, а товар списывается с партии <...>, заметил пару ручных операций, но их три штуки, по 10-30 товаров, а не списываются все, не подскажете в чем может быть проблема?

Попробуй поназакрывать месяца, может быть поможет

(1) уже, не помогает

Если убрать галку "Разрешить списание запаосв при отсутствии остатков по данным учета" то не списывает, хотя товар на счету есть, но не по партии <...>

Начинать надо с ввода остатков - может там партии не указаны. Контроль остатков должен быть включен обязательно, ручных операций и корректировок движений по ТМЦ быть не должно (или должны быть правильно заполнены, что проблематично). Ещё не должно быть счетов учета ТМЦ в авансовых отчетах, не на закладке Товары, и в поступлениях товаров и услуг на закладке Услуги. Если всё это соблюдать неукоснительно (может что пропусти, но суть такова) - ФИФО пашет на ура...