Какие инструменты есть ЗУПе, чтобы отразить это? Кроме как переначислять зп за весь год

(0) Анакуа? В ФСС доплатите и все.

(0) ИМХО - это наиболее правильно будет
Отсторнировать оплату по ГПХ
и переделать её в основное начисление типа "Оклад"

отпуска не забудьте

(1) и больничные

на будущее задел сделать
конечно если забить ...

(1) ... а разве корректирующие декларации не надо сдавать?

(1) Ну как бе начислить надо для начала. А чтобы начислить нужно посчитать сколько

(5) Зачем считать, ведь сумма дохода с которой надо налоги заплатить известна, это оплата по ГПХ.
Если договоров немного можно не пересчитывая зарплаты в раздел Взносы просто внести нужные ФИО и суммы.

(5) если совсем влом вводить полные расчеты, то я бы посмотрел на результаты переноса данных из конфигурации 2.5 Там создаются документы Перенос данных, в которых двигают регистры и которые затем являются источником данных для всех расчетов по среднему, использующих начисления прошлых периодов.

+6
Причем внести по итогам квартала, а не каждый месяц колотить

можно даже обработку придумать, чтоб привязываясь к этим регистраторам "Перенос данных" заполнить все требуемые суммы на правильных видах расчетов и т.п.

НДФЛ тоже переделывать придется - код дохода изменится

Обратиться в суд на решение налоговой и не трогать зуп

Я думаю, проще один раз пересчитать всё и забыть.
Чтобы потом и больничные, и взносы, и коды, и стаж - всё считалось автоматом...
А то потом то РСВ, то СЗВ, то НДФЛ повылезает...

(11) Если бы были бумаги нормально оформлены, то и ничего переквалифицировано не было бы. Не с чем им в суд идти.
Я как-то полтора года работал на ГПХ - все чисто. Каждый месяц согласованное задание, акт и отчеты к нему в виде приложения. Все задачи разные и не повторяющиеся. Как наехали, так и отвалили.