Нужно задать условное оформление в ячейке, заполняемой через формулу, раскрашивать красным текст при отрицательных. Это можно реализовать из 1С при создании файла? Или только допустимо проверять значение, а потом раскрашивать текст? Но тогда цвет же не будет меняться, если пользователь изменит какие-то данные непосредственно работая уже в файле ...

при создании - это Записать(ИмяФайла, ТипФайлаТабличногоДокумента.XLS) или же это создание файла xls, и заполнение его?

Лист.Cells(ТекущаяСтрока+1,24+НомКол*7+1).Formula = ...

Тут задаем формулу. Таким же макаром можно задать и ширину линии и размер т.д. и т.п. А меня интересует возможность прописывать условное форматирование на область ячеек программно из 1С.

(0) Вопрос касается 1С вообще по касательной.
1. В листе Эксель сделать шаблонную таблицу.
2. Включить запись макросов.
3. Настроить условное форматирование как в этой статье http://exceltable.com/formatirovanie/vydelit-otritsatelnye-znacheniya
4. Остановить запись макросов.
5. Адаптировать текст макроса VBA для использования в 1С с COM-объектом Экселя.