Следующая ситуация. На наборе счетов в источнике ВидСубконто = "ФизическиеЛица". А в приемнике, для части этого набора счетов "ПодотчетныеЛица", для другой "МОЛ", тип у обоих видов субконто одинаковый "СправочникСсылка.ФизическиеЛица".

Т.е. конвертация значений всегда по одному правилу, а конвертация вида субконто либо в один либо во второй.

если в ПКО плана видов характеристик указать оба, т.е.

ФизическиеЛица -> ПодотчетныеЛица
ФизическиеЛица -> МОЛ

срабатывает только последнее.

2 ПКО отработали корректно, но есть проблема, таких вариаций в данном переносе несколько в пределах одного плана счетов и ПКО для Вида субконто получается несколько десятков, чтобы учесть все сочетания.

Как корректно отработать этот момент не создавая второе ПКО для плана видов характеристик?

Нашел вариант проще. Чтобы не создавать n-ное количество ПКО для ПВХ видов субконто, после загрузки объекта, по движениям регистра бухгалтерии идет проверка соответствия внесенных субконто счету. в нее добавил проверку и замену МОЛ -> Подотчет и Подотчет -> МОЛ исходя из того что есть на счете. + 12 строк кода и проблема решена.