Есть выборка документов, нужно перебором им установить время
у даты на 23:59:50, как это сделать?

Понял, как -

Дата(ФОРМАТ( ТекущаяДата(),  "ДЛФ=Д" )+" 23:59:50")

ДокОбъект=Выборка.Ссылка.ПолучитьОбъект();
ДокОбъект.Дата=Дата("20171206235950");

(2) Так у вас дата в ручную прописана.
Она же из документа браться должна.

Об.Дата=НачалоДня(Об.Дата)+86390

(0) Даты и время ты выставишь, а вот остатки будут нарушены, будет нарушение последовательности

Об.Дата=КонецДня(Об.Дата)-9

(1) а что будет с документами, у которых дата не равна сегодняшней? Они все перенесутся на сегодня - этого нет в задаче.

(3) как будто у Вас в (1) она берется из документа.

(8) В (1) это пример, в базе нет данных, по этому пришлось как то её заменять.