Сотрудник был в отпуске весь февраль и получил 100.000
В первую налоговую перечислили 13.000 НДФЛ

В марте его перевели во вторую налоговую.
Тут за февраль вместо отпуска он приносит больничный на 40.000 и заработал еще 60.000.
Суммарный доход не изменился - во вторую налоговую перечислять как бы и нечего.

Теперь когда мы формируем справку по первой налоговой
У нас будет доход 40.000, исчислено 5.200, удержано 13.000

В справке по второй налоговой будет доход 60.000,  исчислено 7.800, не удержано 7.800.

Есть ли что криминального в таких справках, если по сути вроде все правильно? Или если не правильно, то может есть какая-нибудь методика по выравниваю исчилено = удержано? Где в НК описывается такая ситуация?)

Слишком умный вопрос, такие надо задавать 1сникам и получать ответы со ссылками на пруфы по законодательству.

Если начисления по разным подразделениям, то НДФЛ должен пересчитаться: по старому с -, по новому с +

(2) пересчитывается все хорошо - по старому было 100к, стало 40к.

Дело в том, что весь налог УЖЕ был перечислен в старую налоговую с первоначальной суммы, которая была больше, чем сумма полученная месяцем позже после перерасчета.

И старая налоговая деньги уже не вернет, а в справке для новой налоговой будет рисоваться не удержанный налог.