Для заполнения документа из внешней обработки с типом команды: ЗаполнениеФормы
Используется Процедура:

&НаСервере
Процедура ВыполнитьКоманду(ИдентификаторКоманды, ОбъектыНазначения, ПараметрыКоманды) Экспорт
ВидВремениПусто = ОбщегоНазначенияКлиентСервер.ПредопределенныйЭлемент("Справочник.ВидыИспользованияРабочегоВремени.ПУСТАЯССЫЛКА");
Для каждого  СтрокаТЗ из ПараметрыКоманды.ЭтаФорма.Объект.ДанныеОВремени Цикл
        Для НомерДня = 1 По 30 Цикл
            СтрокаТЗ["Часов"+НомерДня]=0;            СтрокаТЗ["ВидВремени"+НомерДня]=ВидВремениПусто;     
        КонецЦикла;    
    КонецЦикла;     
ПараметрыКоманды.ЭтаФорма.Модифицированность=Истина;     
    Сообщить("ОК");        
КонецПроцедуры

Данные обрабатываются – но на форме у пользователя остаются.
Если после обработки на форме нажать записать(или програмно отдать команду на записть)
ПараметрыКоманды.ЭтаФорма.Записать();
То данные запишутся и обновиться отображение (таблица станет пустой).
Но другого способа (без сохранения)  я не нашел.
p.s. Конфа ЗУП 3.1 платформа 8.3.10.2561 в тонком клиенте, но так же себя ведет управляемая форма на толстом клиенте и на толстом клиенте (обычное приложение).
p.p.s Подобна обработка в конфигурации Бухгалтерия 3.0 работает отлично