Есть типовая, например ЗУП 3.1.1.103.
  Как открыть обработку при старте для определенных пользователей не изменяя типовую ?

/Execute "C:\обработка.epf"

(1)+

(1) можно указать в доп параметрах к базе, если баз несколько,  а ярлык 1С один
https://image.prntscr.com/image/tCc6HGztS3_z5eZKYkeBtg.png