счет-фактура полученный за 2 квартал 2016 попала в книгу продаж 4 квартал 2017, какие могут быть причины?

(0) посмотри регистр накопления  "НДС Продажи" с отбором по этому счет-фактуре

нету ничего по этой счет фактуре и привязанному поступлению в регистре НДС продажи нету ничего