Правильно понимаю: для работы с запросами и просто с кодом из расширения нужно добавить в расширение все используемые объекты с их реквизитами ?

(0) да, а если там в запросе Регистратор, то это вообще труба.

Что мешает запрос и код писать в любом модуле конфигурации и копировать его в расширение? Для работы расширения добавление самих объектов в расширение не всегда обязательно.

(0) Нет.

если запрос писать без конструктора, то добавлять не нужно