всем добрый день.имеется проблема
СОздаю программно 2 документа:счет покупателя и позже счет поставщику
в счете покупателя есть техническая ссылка на счет поставщика для проверки есть он или нет.Этот реквизит в критерия не участвует.Но открываю подчиненность?1 стоит Счет на оплату поставщика 000001347 от 02.02.2018 13:31:59
а второй подчиненный Счет на оплату покупателю 35489 от 02.02.2018 13:31:58
Время у счета покупателя раньше.почему тогда он стоит подчиненным у поставщика?

Время неважно. Видимо в счете на оплату поставщика есть реквизит, в который попал счет покупателя.
Запросом посмотрите значения всех реквизитов (и в таб. частях) в счете поставщика.

(1)в счете поставщика есть реквизит "счет покупателя" и туда подтянут счет.

а как создать подчиненность как мне нужно?

документ счет поставщику когда создавался ручками на основании покупателя то там структура как надо

А как Вам нужно: в счете покупателя видеть счет поставщика, а в счете поставщика счет покупателя не видеть? - не заполнять реквизит счета поставщика из (2).

очистил в счете поставщика реквизит счет покупателя.все равно счет поставщику первый

(6) Первый в каком смысле? В дереве подчиненности выше?
Вроде, так и должно быть: в счете покупателя ссылка на счет поставщика.

первым должен быть счет покупателя.в нем есть реквизит технический ссылка на счет поставщика...но он не участвует в критерии

(8) Если не ошибаюсь, структура подчиненности строится в 2 шага: подчиненные - по критерию, а предки - запросом.
Впрочем, могу и ошибаться: посмотрите, как это дерево строится.
Проверить, что критерий не используется можно глядя на подчиненность по критерию (в обычных типовых конфах 2 пункта меню).
Вы, к сожалению, не указали платформу и конфигурацию.