Здравствуйте.

Есть ли возможность в УТ 11 произвести выгрузку/загрузку данных при синхронизации в несколько транзакций?

штатной нет, но можно сделать самому, правда гемморно

Возможно, нет в помощникам настройки синхронизации, но если мне память не изменяет, есть на закладке "Дополнительно" при настройке сценария обмена.