Надо объеденить несколько баз БП 3.0.

Есть ли какие-то методические рекомендации?

Как быстро добавить префиксы к спраовочникам документам?

Как бороться с задвоением сиситемных справочников?

Объединять через выгрузказагрузкаXML или создать правила обмена?

наверное и организаций в этой присоединяемой базе кучка

Организаци по одной

Может лучше свернуть базы и выгружать документа переноса остатков?

если общих статей затрат/ддс и прочих нет то будет полная каша

(4) Это понятно. Пускай поиск дублей запускают и удаляют.

(5) Это все придется тебе делать

Я бы рекомендовал приводить справочники ДО загрузки. чтоб потом поиск дублей автоматом сработал

ну или остатками, тогда расходые статьи не участвуют

сразу предупреждаю - почти наверняка задвоятся все предопределенные элементы, их потом обязательно сливать через удаление дублей...

Если это на почасовке, то делать придется.
Но возни там не на один день, скажем так.
С другой стороны - можно показать таким клиентам нн-ое количество часов, что они от этой идеи откажутся.

С практической точки зрения, если игнорить постоянные затраты времени на обновление двух баз, а не одной - пользы от этого соединения вообще никакой.

з.ы. Интересно было бы узнать какие цели хотят поиметь ГБ этих двух организаций от слияния их в одну базу.

Есть у меня идея, как это провернуть, но без уточнения целей она тоже не имеет смысла.

(9) Вот этого и опасаюсь

Как лучше выявить проблемные справочники?

Сделать пустую базу и посмотреть какие справочники  в ней заоплнены?