Здравствуйте.  Обнаружилась проблема. Для некоторых сотрудников странным образом происходит вытеснение.
Для большинства сотрудников, по которым не возникает проблем, картина следующая:
Данные регистра РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций:
        
ВидРасчета    ПериодДействияНачало    ПериодДействияКонец    
Оплата по часовому тарифу    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Доплата за ночные часы    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Почасовой простой по вине работодателя    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Доплата    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    03.02.2017 0:00:00    04.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    10.02.2017 0:00:00    11.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    13.02.2017 0:00:00    21.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов за счет работодателя    13.02.2017 0:00:00    15.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов    16.02.2017 0:00:00    21.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    22.02.2017 0:00:00    22.02.2017 23:59:59    
Оплата праздничных по положению    23.02.2017 0:00:00    23.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    24.02.2017 0:00:00    25.02.2017 23:59:59    
Данные регистра РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций.ФактическийПериодДействия:
        
ВидРасчета    ПериодДействияНачало    ПериодДействияКонец    
Оплата по часовому тарифу    01.02.2017 0:00:00    02.02.2017 23:59:59    
Почасовой простой по вине работодателя    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    03.02.2017 0:00:00    04.02.2017 23:59:59    
Оплата по часовому тарифу    05.02.2017 0:00:00    09.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    10.02.2017 0:00:00    11.02.2017 23:59:59    
Оплата по часовому тарифу    12.02.2017 0:00:00    12.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов за счет работодателя    13.02.2017 0:00:00    15.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов    16.02.2017 0:00:00    21.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    22.02.2017 0:00:00    22.02.2017 23:59:59    
Оплата по часовому тарифу    23.02.2017 0:00:00    23.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    24.02.2017 0:00:00    25.02.2017 23:59:59    
Оплата по часовому тарифу    26.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    

Для некоторых сотрудников, по которым проблема, картина такаая:
Данные регистра РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций:
        
        
ВидРасчета    ПериодДействияНачало    ПериодДействияКонец    
Простой по вине работодателя    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Оплата по часовому тарифу    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Доплата за ночные часы    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    02.02.2017 0:00:00    04.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов за счет работодателя    06.02.2017 0:00:00    08.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    06.02.2017 0:00:00    13.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов    09.02.2017 0:00:00    13.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    16.02.2017 0:00:00    16.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    20.02.2017 0:00:00    20.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    23.02.2017 0:00:00    23.02.2017 23:59:59    
Оплата праздничных по положению    23.02.2017 0:00:00    23.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    24.02.2017 0:00:00    24.02.2017 23:59:59    
Дни неоплачиваемые согласно табелю    28.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Данные регистра РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций.ФактическийПериодДействия:
        
        
ВидРасчета    ПериодДействияНачало    ПериодДействияКонец    
Простой по вине работодателя    01.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов за счет работодателя    06.02.2017 0:00:00    08.02.2017 23:59:59    
Оплата больничных листов    09.02.2017 0:00:00    13.02.2017 23:59:59    
Оплата по часовому тарифу    14.02.2017 0:00:00    28.02.2017 23:59:59    

То есть почему-то  оплата по часовому тарифу не занимает промежутки между Днями не оплачиваемыми.

Как будто дней неоплачиваемых нет вовсе.

Куда копать, куда писать,
Ведь сколько в килобайте байт
Оно же много интересней,
О нём и соловьем и с песней...

А программист, что под окном
Не разберет регистра участь,
Ему помочь конечно влом,
Ответьте же, не надо мучить.

Ошибочка нашлась! У них были вместо почасовых простоев заведены целодневные, они то и вытесняли. Всем Спасибо!

Если присмотреться, то можно увидеть:
Вид расчета сверху -
"Почасовой простой по вине работодателя"
А снизу
"Простой по вине работодателя"

Сразу не заметил.