БП 2.0.66.47
По двум активам с идентичными параметрами - стоимость НУ не включается в состав расходов, программа по начислению амортизации делает проводку по-разному - в одном случае  проводка по амортизации попадает в постоянную разницу, во втором случае проводка по амортизации попадает во временную разницу.

(0) С чем это может быть связано? и что стоит посмотреть в первую очередь?

(0) правильно во втором случае. Ищите отличия :)

Первоначальную стоимость смотрите и параметры начисления амортизации

(3) +1
+ модернизации, лизинги, амортизационные премии

(4) И это. Если сложные ситуации с ОС. У нас есть производственная линия, которая раз 15 модернизировалась уже :)

я посмотрел ситуацию по ОС- ещё с самой первой амортизации заполнялась только временная разница.Смотрел в отладчике самую первую амортизацию и там для формирование ПР значения СтоимостьПРКонечныйОстаток и АмортизацияПРКонечныйОстаток - нулевые.Если в проводках первой амортизации вручную изменить ВР на ПР, последующие амортизации так же записываются в ВР

(6) так и должно быть ВР, читайте (2)