Пишет ошибку "значение префикса первой информационной базы не уникально" Префиксы информационных баз везде стоят.

это случайно не настройка обмена "локальная ЗУП" - "облачная БП"?

не обычный обмен. базы ЗУП и БП сидят на одном сервере 1С

(2) надо удалить узел обмена, т.к. он по ошибке остался в одной из баз

т.е. в узле обмена

e1cib/list/ПланОбмена.ОбменЗарплата3Бухгалтерия3

должны быть только предопределенные элементы

(0) Вангую, что вы пытаетесь создать вторую настройку синхронизации с таким же префиксом базы-корреспондента.
Удалите лишнюю настройку, либо смените префикс в одной из баз.

Такая ошибка случается, когда в одной БП ведут учет N организаций, но зарплата идёт в разных ЗУП.
1 настройка синхронизации создастся, а у второй будет ошибка, т.к. по умолчанию префикс в ЗУП будет одинаков.

(3) Это "e1cib/list/ПланОбмена.ОбменЗарплата3Бухгалтерия3" оно где живет?

(4)"Удалите лишнюю настройку, либо смените префикс в одной из баз." а как это сделать?

(7) https://www.google.ru/search?q=как+перейти+по+навигационной+ссылке+1с&ie=utf-8&oe=utf-8&gws_rd=cr&dcr=0&ei=pbGrWqeEMuin6ASY7Y64BQ

Спс. Удалили настройку в БП и заново настроили и все заработало.

(9) с тебя 500р в фонд мисты