(1) Просто в отчет выводятся суммы, выраженные в розничных ценах на момент документа. Т.е. было у Вас продажа 1 по 99, потом наценили еще рубль и продали 1 по 100
потом смену закрыли, стало 2 на сумму 199
но т.к. закрыли смену на конец дня, то цена на конец дня на товар составляет 100 руб. таким образом, в товарном отчете будет сумма 200 руб.
Соответственно где-то суммы идут в плюс, где-то в минус. Итоговая сумма, разумеется, расходится с суммой продаж. Это совершенно нормально и объяснимо.