Простейший запрос
ВЫБРАТЬ * из    Документ.СписаниеТМЦ.Номенклатура КАК Номенклатура ГДЕ Номенклатура.Ссылка = &ДокументСсылка
Если в запросе не упорядочивать по номеру строки, то некоторые строки идут не по порядку.  С чем это связано?

поговаривают что зависит от индексов, но никто гарантировать не может

(0) С тем, что в запросах при отсутствии явного указания сортировки порядок строк не определен, ничем не гарантирован и остается на усмотрение исполнителю запроса.

(0) С тем, что они в базе данных хранятся. В 1с ты можешь сдвинуть строку с третьей на вторую строчку, а в базе данных поле номерс троки будет идти 1, 3, 2

Я тоже подумал что из-за сдвига строк.